Trong thời Trung cổ, hồ này tạo thành phần trọng yếu của Tuyến đường thương mại từ vùng Scandinavia tới Đế quốc Byzantine, với nơi buôn bán của Bắc Âu ở Staraya Ladoga bảo vệ cửa sông Volkhov từ thế kỷ thứ 8. Trong thời chiến tranh Thụy Điển-Cộng hòa Novgorod, khu vực này bị tranh chấp giữa Cộng hòa Novgorod và Thụy Điển. Đầu thế kỷ thứ 14, các pháo đài Korela (Kexholm) và Oreshek (Nöteborg) được xây dựng dọc theo các bờ hồ này.

Tu viện Valaam cổ được thành lập trên đảo Valaam, đảo lớn nhất trên hồ Ladoga, bị bỏ hoang từ năm 1611 – 1715, được khôi phục cách lộng lẫy ở thế kỷ thứ 18, và di tản sang Phần Lan trong Cuộc chiến mùa Đông năm 1940. Năm 1989 các hoạt động tu viện ở Valaam lại tiếp tục. Các tu viện lịch sử khác trong vùng lân cận là Tu viện Konevets trên đảo Konevets, và Tu viện Alexander-Svirsky, mà các mẫu đẹp của kiến trúc Moskva thời trung cổ được bảo tồn.

Trong chiến tranh Ingria[10], một phần nhỏ bờ hồ Ladoga đã bị Thụy Điển chiếm đóng. Năm 1617, theo Hiệp ước Stolbovo, bờ hồ phía bắc và phía tây được Nga nhường cho Thụy Điển. Năm 1721, sau đại chiến Bắc Âu, chúng được trả lại cho Nga theo Hiệp ước Nystad. Sau đó, từ năm 1812 – 1940 hồ này được phân chia giữa Nga và Phần Lan. Theo các điều kiện của Hòa ước Tartu giữa Nga-Phần Lan năm 1920, việc quân sự hóa ở khu vực hồ này được giới hạn nghiêm ngặt. Tuy nhiên cả Nga Xô Viết và Phần Lan đều có các đội tàu chiến nhỏ trên hồ Ladoga. Sau cuộc chiến mùa Đông (1939–1940) theo Hòa ước Moskva, hồ Ladoga hoàn toàn thuộc về Liên Xô.

Trong thời Chiến tranh tiếp tục (1941–1944) không chỉ các tàu của Phần Lan và Liên Xô, mà cả các tàu của Đức và Ý cũng hoạt động ở đây. Trong hoàn cảnh này, dưới thời vây hãm Leningrad (1941 – 1944), hồ Ladoga đã cung cấp lối đi duy nhất tới thành phố Leningrad bị vây hãm, vì có một phần bờ hồ phía đông nằm trong sự kiểm soát của Liên Xô. Các đồ tiếp tế được chở vào Leningrad bằng các xe vận tải ở các đường mùa đông trên băng -"Road of Life" (đường sống) - và bằng tàu thuyền trong mùa hè. Sau Chiến tranh thế giới thứ hai, Phần Lan bị mất vùng Karelia vào tay Liên Xô, mọi công dân Phần Lan phải di tản khỏi vùng này và hồ Ladoga trực thuộc Liên Xô. Bờ hồ phía bắc, Ladoga Karelia với thành phố Sortavala, nay là thành phần của Cộng hòa Karelia. Bờ hồ phía tây, eo đất Karelia, là thành phần của tỉnh Leningrad.

Từ năm 1996 Cuộc đua thách thức ở hồ Ladoga là cuộc đua hàng năm của 4x4 (loại xe chạy không cần đường sá) và ATVs (xe chạy trên mọi mặt đất) chạy suốt qua trên 1.200 km đầm lầy, bùn và bãi lầy bao quanh hồ Ladoga.[11]